CPM1A系列PLC具有比较丰富的指令集，按其功能可分为两大类：基本指令和特殊功能指令。其指令功能与FX系列PLC大同小异，这里不再详述。

CPM1A系列PLC指令一般由助记符和操作数两部分组成，助记符表示CPU执行此命令所要完成的功能，而操作数则指出CPU的操作对象。操作数既可以是前面介绍的通道号和继电器编号，也可以是DM区或是立即数。立即数可以用十进制数表示，也可以用十六进制数表示。可能影响执行指令的系统标志有：ER（错误标志）、CY（进位标志）、EQ（相等标志）、GR（大于标志）和LE（小于标志）等。